DOI: https://doi.org/10.26089/NumMet.v20r330
Практика проведения анализа производительности суперкомпьютерных задач
Авторы
-
И.В. Афанасьев
-
В.В. Воеводин
-
В.Ю. Рудяк
- А.В. Емельяненко
Ключевые слова:
Аннотация
Предложен метод проведения анализа эффективности и оптимизации суперкомпьютерных приложений, примененный на практике для изучения задач одного из пользователей суперкомпьютера Ломоносов-2. Этот метод затрагивает различные этапы исследования задач, начиная от изучения общего поведения всех запусков пользователя на суперкомпьютере и заканчивая детальным изучением и оптимизацией исходного кода выбранной программы. Приведено описание общих этапов анализа, которые были выполнены на практике, показаны метрики производительности, на которые следует обратить внимание при выполнении подобного анализа, а также продемонстрированы конкретные примеры поведения задач и эффект от оптимизации, выполненной для задачи расчета жидкокристаллических капель.
Загрузки
Опубликован
Выпуск
Раздел
Библиографические ссылки
- V. Voevodin and V. Voevodin, “Efficiency of Exascale Supercomputer Centers and Supercomputing Education,” in High Performance Computer Applications (Springer, Cham, 2016), Vol. 595, pp. 14-23.
- J. Vetter and C. Chambreau, “MpiP: Lightweight, Scalable MPI Profiling,”
http://mpip.sourceforge.net . Cited August 27, 2019. - Intel VTune Amplifier documentation.
https://software.intel.com/en-us/vtune . Cited August 27, 2019. - N. Nethercote and J. Seward, “Valgrind: A Framework for Heavyweight Dynamic Binary Instrumentation,” SIGPLAN Not. 42 (6), 89-100 (2007).
- P. Shvets, Vad. Voevodin, and S. Zhumatiy, “HPC Software for Massive Analysis of the Parallel Efficiency of Applications,” in Communications in Computer and Information Science (Springer, Cham, 2019), Vol. 1063, pp. 3-18.
- Vl. V. Voevodin, A. S. Antonov, D. A. Nikitenko, et al., “Supercomputer Lomonosov-2: Large Scale, Deep Monitoring and Fine Analytics for the User Community,” Supercomput. Front. Innov. 6 (2), 4-11 (2019).
- R. D. Groot and P. B. Warren, “Dissipative Particle Dynamics: Bridging the Gap between Atomistic and Mesoscopic Simulation,” J. Chem. Phys. 107 (11), 4423-4435 (1997).
- S. Plimpton, “Fast Parallel Algorithms for Short-Range Molecular Dynamics,” J. Comput. Phys. 117 (1), 1-19 (1995).
- F. C. Frank, “I. Liquid Crystals. On the Theory of Liquid Crystals,” Discuss. Faraday Soc. 25, 19-28 (1958).
- V. Y. Rudyak, A. V. Emelyanenko, and V. A. Loiko, “Structure Transitions in Oblate Nematic Droplets,” Phys. Rev. E 88 (2013).
doi 10.1103/PhysRevE.88.052501 - Profiler User’s Guide.
https://docs.nvidia.com/cuda/profiler-users-guide/index.html{#}nvprof-overview . Cited August 27, 2019. - C. Yang and S. Williams, “Performance Analysis of GPU-Accelerated Applications Using the Roofline Model,”
https://developer.nvidia.com/gtc/2019/video/S9624 . Cited August 27, 2019. - D. A. Nikitenko, V. V. Voevodin, and S. A. Zhumatiy, “Octoshell: Large Supercomputer Complex Administration System,” Vestn. Yuzhn. Ural. Gos. Univ. Ser. Vychisl. Mat. Inf. 5 (3), 76-95 (2016).
- D. Shaykhislamov and V. Voevodin, “An Approach for Dynamic Detection of Inefficient Supercomputer Applications,” Procedia Comput. Sci. 136, 35-43 (2018).
Лицензия
Copyright (c) 2019 Вычислительные методы и программирование
Это произведение доступно по лицензии Creative Commons «Attribution» («Атрибуция») 4.0 Всемирная.
