Увеличение размерности в методе докинга на основе тензорных поездов

Авторы

  • Д.А. Желтков
  • Е.Е. Тыртышников

Ключевые слова:

тензорный поезд
искусственное увеличение размерности
крестовый метод
глобальная оптимизация
докинг
компьютерный дизайн лекарств

Аннотация

Предложена модификация метода докинга на основе тензорных поездов с использованием идеи искусственного увеличения размерности при поиске положения молекулы-лиганда, минимизирующего энергию системы белок–лиганд. Проведено сравнение с программой TTDock (докинг на основе тензорных поездов), не использующей искусственное увеличение размерности. Результаты тестирования показывают, что при той же надежности предложенная модификация в 5–10 раз вычислительно менее затратна, чем TTDockю

Новые вычислительные технологии

Загрузки

Опубликован

2013-06-18

Выпуск

Том 14 (2013): Выпуск 3.

Раздел

Раздел 1. Вычислительные методы и приложения

Авторы

Д.А. Желтков

Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова,
факультет вычислительной математики и кибернетики
Ленинские горы, 119992, Москва
• аспирант

Е.Е. Тыртышников

Институт вычислительной математики имени Г.И. Марчука РАН (ИВМ РАН)
ул. Губкина, 8, 119333, Москва
• директор

Библиографические ссылки

  1. Oseledets I.V., Tyrtyshnikov E.E. Breaking the curse of dimensionality, or how to use SVD in many dimensions // SIAM J. Sci. Comput. 2009. 31, N 5. 3744-3759.
  2. Желтков Д.А., Офёркин И.В., Каткова Е.В., Сулимов А.В., Сулимов В.Б., Тыртышников Е.Е. TTDock: метод докинга на основе тензорных поездов // Вычислительные методы и программирование. 2013. 14. 279-291.
  3. Oseledets I.V., Tyrtyshnikov E.E. TT-cross approximation for multidimensional arrays // Linear Algebra Appl. 2010. 432, N 1. 70-88.
  4. Тыртышников Е.Е. Тензорные аппроксимации матриц, порожденных асимптотически гладкими функциями // Математический сборник. 2003. 194, № 6. 146-160.
  5. Oseledets I.V. Approximation of 2^d imes 2^d matrices using tensor decomposition // SIAM J. Matrix Anal. Appl. 2010. 31, N 4. 2130-2145.
  6. Khoromkij B.N., Oseledets I.V. QTT approximation of elliptic operators in higher dimensions // Rus. J. Numer. Anal. Math. Model. 2011. 26, N 3. 303-322.
  7. Oseledets I.V. Tensor-train decomposition // SIAM J. Sci. Comput. 2011. 33, N 5. 2295-2317.
  8. Goreinov S.A., Tyrtyshnikov E.E., Zamarashkin N.L. A theory of pseudo-skeleton approximations // Linear Algebra Appl. 1997. 261, N 1-3. 1-21.
  9. Tyrtyshnikov E.E. Incomplete cross approximation in the mosaic-skeleton method // Computing. 2000. 64, N 4. 367-380.
  10. Goreinov S.A., Tyrtyshnikov E.E. The maximal-volume concept in approximation by low-rank matrices // Contemporary Mathematics. 2001. 208. 47-51.
  11. Goreinov S.A., Oseledets I.V., Savostyanov D.V., Tyrtyshnikov E.E., Zamarashkin N.L. How to find a good submatrix // Matrix Methods: Theory, Algorithms, Applications / Edited by V. Olshevsky and E. Tyrtyshnikov. Hackensack: World Scientific, 2010. 247-256.
  12. GNU Scientific Library (http://www.gnu.org/software/gsl).

Лицензия

Copyright (c) 2013 Вычислительные методы и программирование

Лицензия Creative Commons

Это произведение доступно по лицензии Creative Commons «Attribution» («Атрибуция») 4.0 Всемирная.