TTDock: метод докинга на основе тензорных поездов
Авторы
- Д.А. Желтков
-
И.В. Офёркин
- А.В. Сулимов
- В.Б. Сулимов
- Е.В. Каткова
-
Е.Е. Тыртышников
Ключевые слова:
тензорный поезд
крестовый метод
глобальная оптимизация
докинг
компьютерный дизайн лекарств
Аннотация
Разработан метод докинга на основе тензорных поездов, позволяющий с высокой вероятностью найти положение, в котором достигается глобальный минимум энергии системы белок-лиганд. Полученный метод сравнивается с одним из наиболее эффективных методов докинга на основе генетических алгоритмов SOL. Результаты тестирования показывают, что метод на основе тензорных поездов в 10 раз менее затратен при сопоставимой надежности получения глобального оптимума энергии.
Загрузки
Опубликован
2013-06-20
Выпуск
Раздел
Раздел 1. Вычислительные методы и приложения
Библиографические ссылки
- Садовничий В.А., Сулимов В.Б. Суперкомпьютерные технологии в медицине // Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности / Под ред. В.А. Садовничего, Г.И. Савина, Вл.В. Воеводина. М: Изд-во Моск. ун-та, 2009. 16-23.
- Романов А.Н., Кондакова О.А., Григорьев Ф.В., Сулимов A.В., Лущекина С.В., Мартынов Я.Б., Сулимов В.Б. Компьютерный дизайн лекарственных средств: программа докинга SOL // Вычислительные методы и программирование. 2008. 9. 213-233.
- Офёркин И.В., Сулимов А.В., Кондакова О.А., Сулимов В.Б. Реализация поддержки параллельных вычислений в программах докинга SOLGRID и SOL // Вычислительные методы и программирование. 2011. 12. 9-23.
- Mobley D.L., Dill K.A. Binding of small-molecule ligands to proteins: «what you see» is not always «what you get» // Structure. 2009. 17, N 4. 489-498.
- Kolda T.G., Bader B.W. Tensor decompositions and applications // SIAM Review. 2009. 51, N 3. 455-500.
- Oseledets I.V., Savostianov D.V., Tyrtyshnikov E.E. Tucker dimensionality reduction of three-dimensional arrays in linear time // SIAM J. Matrix Anal. Appl. 2008. 30, N 3. 939-956.
- Oseledets I.V., Tyrtyshnikov E.E. Breaking the curse of dimensionality, or how to use SVD in many dimensions // SIAM J. Sci. Comput. 2009. 31, N 5. 3744-3759.
- Oseledets I.V. Tensor-train decomposition // SIAM J. Sci. Comput. 2011. 33, N 5. 2295-2317.
- Oseledets I.V., Tyrtyshnikov E.E. TT-cross approximation for multidimensional arrays // Linear Algebra Appl. 2010. 432, N 1. 70-88.
- Goreinov S.A., Tyrtyshnikov E.E., Zamarashkin N.L. A theory of pseudo-skeleton approximations // Linear Algebra Appl. 1997. 261, N 1-3. 1-21.
- Tyrtyshnikov E.E. Incomplete cross approximation in the mosaic-skeleton method // Computing. 2000. 64, N 4. 367-380.
- Goreinov S.A., Tyrtyshnikov E.E. The maximal-volume concept in approximation by low-rank matrices // Contemporary Mathematics. 2001. 208. 47-51.
- Goreinov S.A., Oseledets I.V., Savostyanov D.V., Tyrtyshnikov E.E., Zamarashkin N.L. How to find a good submatrix // Matrix Methods: Theory, Algorithms, Applications / Edited by V. Olshevsky and E. Tyrtyshnikov. Hackensack: World Scientific, 2010. 247-256.
- Huey R., Morris G.M., Olson A.J., Goodsell D.S. A semiempirical free energy force field with charge-based desolvation // J. Computational Chemistry. 2007. 28, N 6. 1145-1152.
- Verdonk M.L., Cole J.C., Hartshorn M.J., Murray C.W., Taylor R.D. Improved protein-ligand docking using GOLD // Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 2003. 52, N 4. 609-623.
- Thomsen R., Christensen M.H. MolDock: a new technique for high-accuracy molecular docking // J. Medicinal Chemistry. 2006. 49, N 11. 3315-3321.
- Halgren T.A. Merck molecular force field // J. Computational Chemistry. 1996. 17, N 5/6. 490-519.
- Romanov A.N., Jabin S.N., Martynov Y.B., Sulimov A.V., Grigoriev F.V., Sulimov V.B. Surface generalized Born method: a simple, fast, and precise implicit solvent model beyond the Coulomb approximation // J. Physical Chemistry A. 2004. 108, N 43. 9323-9327.
- RCSB protein data bank (http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do).
- Alvarez J., Shoichet B. Virtual screening in drug discovery. Vol. 1. Boca Raton: CRC Press, 2005.
- CSAR 2011-2012 Benchmark Exercise (http://www.csardock.org/).
Лицензия
Copyright (c) 2013 Вычислительные методы и программирование
Это произведение доступно по лицензии Creative Commons «Attribution» («Атрибуция») 4.0 Всемирная.
Рекомендованные статьи
О.Б. Бутусов, Я.М. Жилейкин, О.П. Никифорова, А.Б. Кукаркин
А.В. Гончарский, С.Ю. Романов
О.А. Богоявленская
Н. А. Афанасьев, П. А. Майоров
Н. И. Тарасов, В. О. Подрыга, С. В. Поляков
