Метод расчета энергии Гиббса образования межмолекулярных комплексов методом термодинамического интегрирования с использованием гармонических ограничений на движение атомов

Аннотация

Предложен новый способ построения термодинамического цикла для расчета энергии Гиббса образования межмолекулярных комплексов методом термодинамического интегрирования с использованием гармонических ограничений, накладываемых на координаты атомов. Траектория, по которой ведется интегрирование, получена методом молекулярной динамики с использованием силового поля MMFF94 для расчета потенциальной энергии межатомного взаимодействия. Показано, что предложенный способ построения термодинамического цикла обеспечивает корректный учет потенциала, обеспечивающего гармонические ограничения, а также минимизирует флуктуации потенциальной энергии комплекса при промежуточных значениях переменной интегрирования. С использованием предложенного подхода проведены расчеты энергии Гиббса для комплекса бензол-циклодекстрин.