Алгоритм расстановки силовых параметров на атомах органических молекул и белков в рамках силового поля MMFF94
Авторы
-
Ф.В. Григорьев
- А.Н. Романов
-
О.А. Кондакова
- В.Б. Сулимов
- С.В. Лущекина
Ключевые слова:
Аннотация
Рассмотрен алгоритм FARS (Fire Algorithm for Rings Search) расстановки силовых параметров на атомах органических молекул и белков в рамках силового поля MMFF94. Алгоритм предназначен для использования при решении задачи виртуального перебора молекул из баз данных с целью отбора тех из них, которые наилучшим образом взаимодействуют с белком-мишенью. Сравниваются результаты расстановки параметров алгоритмом FARS и программным комплексом CHARMM на молекулах из базы данных NCI Diversity. Программа FARS, написанная на основе алгоритма, включена в состав веб-ориентированной платформы Keenbase, предназначенной для решения задач виртуального перебора. Программа FARS успешно использовалась при проведении компьютерного эксперимента по поиску ингибиторов к заданным белкам с применением технологий распределенных вычислений. В ходе эксперимента были задействованы вычислительные мощности НИВЦ МГУ и Южно-Уральского государственного университета.
Загрузки
Опубликован
Выпуск
Раздел
Библиографические ссылки
- Halgren T.A. Merck Molecular Force Field I: Basis, form, scope, parameterization and performance of MMFF94 // J. of Comput. Chem. 1996. 17, N 5-6. 490-519.
- Halgren T.A. Merck Molecular Force Field II. MMFF94 van der Waals and electrostatic parameters for intermolecular interactions // J. of Comput. Chem. 1996. 17, N 5-6. 520-552.
- Halgren T.A. Merck Molecular Force Field III. Molecular geometries and vibrational frequencies for MMFF94 // J. of Comput. Chem. 1996. 17, N 5-6. 553-586.
- Halgren T.A. Merck Molecular Force Field IV. Conformational energies and geometries for MMFF94 // J. of Comput. Chem. 1996. 17, N 5-6. 587-615.
- Halgren T.A. Merck Molecular Force Field V. Extension of MMFF94 using experimental data, additional computational data and empirical rules // J. Comput. Chem. 1996. 17, N 5-6. 616-641.
- Li X., Volkov A.V., Szalewicz K., Coppens P. Interaction energies between glycopeptide antibiotics and substrates in complexes determined by X-ray crystallography: application of a theoretical databank of aspherical atoms and a symmetry-adapted perturbation theory-based set of interatomic potentials // Acta Cryst. 2006. T. D62. 639-647.
- Lane J.W., Estevez A., Mortara K., Callan O., Spencer J.R., Williams R.M. Antitumor activity of tetrahydroisoquinoline analogues 3-epi-jorumycin and 3-epi-renieramycin G // Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 2006. 16, N 12. 3180-3183.
- Cini N., Danieli E., Menchi G., Trabocchi A., Bottoncetti A., Raspanti S., Pupi A., Guarna A. 3-Aza-6,8-dioxabicyclo [3.2.1]octanes as new enantiopure heteroatom-rich tropane-like ligands of human dopamine transporter // Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 2006. 14, N 15. 5110-5120.
- Kasyan O., Thondorf I., Bolte M., Kalchenko V., Bohmer V. Unusual conformations of 1,3-dialkoxythiacalix[4]arenes in the solid state // Acta Cryst. 2006. T. C62. 289-294.
- http://dtp.nci.nih.gov/
- http://www.keenbase.ru
- Ким А.М. Органическая химия. Новосибирск: Сиб. универ. изд-во, 2002.
- http://www.rcsb.org/pdb/docs/format/pdbguide2.2/guide2.2underlinephantomaframe.html
- Brooks B.R., Bruccoleri R., Olafson B., States D., Swaninathan S., Karplus M. CHARMM: A program for macromolecular energy, minimization, and dynamics calculations // J. Comp. Chem. 1983. 4, N 5. 187-217.
- http://www.rcsb.org/pdb/Welcome.do
- Word J.M. Asparagine and glutamine: Using hydrogen atom contacts in the choice of side-chain amide orientation // J. Mol. Biol. 1999. 285. 1733-1747.
- http://parallel.ru/cluster/
- http://cluster.susu.ru/
- http://www.cancer.gov/
