Обработка микрочиповых данных с помощью алгоритма нечеткой кластеризации

Авторы

  • А.С. Тараскина
  • Е.С. Черемушкин

Ключевые слова:

генетические алгоритмы
ДНК-микрочип
кластеризация
итерационные методы
дендрограммы

Аннотация

Рассматривается программа, реализующая генетический алгоритм, основанный на генетических процессах в биологических организмах.

Новые вычислительные технологии

Загрузки

Опубликован

2006-09-09

Выпуск

Том 7 (2006): Выпуск 1.

Раздел

Раздел 2. Программирование

Авторы

А.С. Тараскина

Институт систем информатики имени А. П. Ершова СО РАН (ИСИ СО РАН)
пр. академика Лаврентьева, 6, 630090, Новосибирск

Е.С. Черемушкин

Институт систем информатики имени А. П. Ершова СО РАН (ИСИ СО РАН)
пр. академика Лаврентьева, 6, 630090, Новосибирск

Библиографические ссылки

  1. Lockhart D.J., Dong H., Byrne M.C., Follettie M.T., Gallo M.V., Chee M.S., Mittmann M., Wang C., Kobayashi M., Horton H., Brown E.L. Expression monitoring by hybridization to high-density oligonucleotide arrays // Nat. Biotechnol. 1996. 14. 1675-1680.
  2. Golub T.R. Molecular classification of cancer: class discovery and class prediction by gene expression monitoring // Science. 1999. T. 286(5439). 531-537.
  3. Anderberg M.R. Cluster analysis for applications. NY: Academic Press, 1976.
  4. Hartigan J. Clustering algorithms. NY: Wiley, 1975.
  5. http://www.statsoft.ru/home/textbook/modules/stcluan.html
  6. Штовба С.Д. Введение в теорию нечетких множеств и нечеткую логику (http://matlab.exponenta.ru/fuzzylogic/ reak book1/index.php).
  7. Hoppner F., Klawonn F., Kruse R., Runkler T. Fuzzy cluster analysis. NY: Wiley, 1999.
  8. Bezdek J.C. Pattern recognition with fuzzy objective functional algorithms. NY: Plenum Press, 1981.
  9. Hall L.O., Ozyurt B., Bezdek J.C. The case for Genetic Algorithms in Fuzzy Clustering // Proc. 98 IPMU. Paris, 1998. 288-295.
  10. Goldberg D.E. Genetic algorithms in search, optimization, and machine learning. Reading: Addison-Wesley, 1989.
  11. Dembele D., Kastner P. C-means method for clustering microarray data // Bioinformatics. 2003. T. 19(8). 973-980.
  12. Rousseeuw J.P. Silhouettes: a graphical aid to the interpretation and validation of cluster analysis // J. Comp. Appl. Math. 1987. 20. 53-65.
  13. http://genome-www.stanford.edu/Human-CellCycle/Hela/
  14. Whitfield M.L., Sherlock G., Saldanha A.J., Murray J.I., Ball C.A., Alexander K.E., Matese J.C., Perou C.M., Hurt M.M., Brown P.O., et al. Identification of genes periodically expressed in the human cell cycle and their expression in tumors // Mol. Biol. Cell. 2002. 13. 1977-2000.